温州海事局是实行垂直管理的行政执法机构，于2001年2月9日挂牌成立，同年6月16日起正式履行水上安全监督管理职责。下设温州瓯江海事处、温州乐清湾海事处、温州鳌江海事处、温州飞云江海事处等4个副处级海事处及1个正科级的温州洞头海事处。管辖瓯江(含楠溪江)、飞云江、鳌江3大水系，乐清湾、洞头、南麂等沿海水域，温州5大通航内河、库区。

    温州海事局成立后，第一年平稳过渡，第二年夯实基础，第三年谋求发展，2004年成为全面发展的第四年。2004年，在上级海事部门的领导和温州市委市政府的关怀下，温州海事局全体干部职工紧紧围绕“水上交通安全监督管理”这一中心工作，开拓进取，艰苦奋斗，各项工作均取得了显著成绩，得到了当地党委、政府及人民群众的充分肯定与高度评价。水上交通安全四项指标明显下降，全年发生一般及以上等级事故24件，死亡12人，沉船12艘，直接经济损失902万元，与2003年相比分别下降27%、60%、40%、77%，辖区安全形势稳定；完善海事监管模式改革，提高了工作效率；保质按时建成了局综合业务用房及工作船码头工程，办公条件明显改善；到2004年底，45岁以下执法人员中89%已达到大专以上文化层次，全局执法人员中92%已达到大专以上文化层次，队伍素质明显提高；在2003年温州海事局被评为浙江海事系统唯一的先进单位的基础上，2004年温州海事局及洞头海事处被评为浙江海事系统文明达标单位，温州海事局还通过审核申报了全国海事系统文明达标单位，文明创建工作已有突破性进展。